З липня 1998 р. у Е-класу з'явилися дві моделі з прямим упорскуванням: Mercedes Е 200 CDI та Mercedes E 220 CDI, які замінили Mercedes Е 220. З червня 1999 р. обидва ці двигуни стали випускатися підвищеної потужності. Додатково було розпочато виробництво Mercedes Е 270 CDI та Mercedes Е 320 CDI, які у серпні 1999 року замінили Mercedes Е 300 D.
Моделі автомобілів Mercedes Е-класу:
1. З дизельними двигунами:
- Mercedes E 200 CDI, Mercedes E 220 D та Mercedes E 220 CDI - 4-циліндрові;
- Mercedes E 250 D, Mercedes E 270 CDI та Mercedes E 290 TD - 5-циліндрові;
- Mercedes E 300 D та Mercedes E 320 CDI - 6-циліндрові.
2. З бензиновими двигунами:
- Mercedes Е 200 та Mercedes Е 230 - 4-циліндрові, рядні;
- Mercedes Е 240, Mercedes Е 280 та Mercedes Е 320 - 6-циліндрові у рядному та V-подібному виконанні;
- Mercedes Е 420, Mercedes Е 430, Mercedes Е 50 AMG та Mercedes Е 55 AMG - 8-циліндрові, V-подібні.
В галузі моторобудування Mercedes пропонує високі технології. Тут вже звичні 3- і 4-клапанні головки циліндрів та повністю електронне керування двигуном. Різні фази газорозподілу доповнюються різними обсягами всмоктувальних трубопроводів. Аналізатори системи мастила полегшують контроль за роботою двигуна та продовжують терміни заміни олії. А найсучасніший дизельний двигун Mercedes відрізняє пряме впорскування в комбінації з турбокомпресором та охолодженням наддувного повітря.