Ryža. 4.1. Motorový priestor 4-valcového naftového motora Séria CDI: 1 - expanzná nádrž chladiaceho systému; 2 - prívod vzduchu nasávacieho systému so vzduchovým filtrom; 3 - kanál nasávania vzduchu turbodúchadla; 4 - chladený plastový box pre elektronické ovládacie zariadenia a reléové bloky; 5 - uzáver plniaceho hrdla oleja; 6 - mriežka nasávania vzduchu na vetranie interiéru; 7 - kryt motora; 8 – plášť vstupného kolektora; 9 - nádržka brzdovej kvapaliny s hlavným valcom a posilňovačom bŕzd; 10 - mierka oleja; 11 - signál; 12 - radiátor; 13 – hadica vodného chladenia; 14 - teleso škrtiacej klapky s výstupným ventilom plynu; 15 - nádržka ostrekovača čelného skla; 16 - riadiaci modul brzdového systému; 17 - nádrž na servoolej; 18 - reléová a poistková skrinka
Ryža. 4.2. Štvorvalcový predkomorový dieselový motor: 1 - prívod vzduchu; 2 – kryt hlavy valcov; 3 - puzdro regulačného ventilu; 4 – regulačný ventil výfuku plynu; 5 - nízkotlakový regulačný ventil; 6 - výfukové potrubie; 7 - odbočné potrubie chladiaceho systému; 8 - generátor; 9 - kľuková skriňa; 10 – remeň pohonu pomocných jednotiek; 11 - ventilátor; 12 – pohon hydraulického čerpadla servoriadenia; 13 - palivový filter; 14 - olejový filter; 15 - mierka oleja; 16 - plniace hrdlo oleja
V roku 1993 sa do triedy E začala montovať nová generácia dieselových motorov Mercedes. (ryža. 4.1). Všetky motory, dokonca aj tie najmenšie - OM 604 (2,2 l), boli vybavené 4-ventilovými predkomorovými hlavami valcov, ktoré boli najskôr sériovo vyrábané pre dieselové motory Mercedes. Pohon ventilov sa vykonával z dvoch vačkových hriadeľov nad hlavou (ryža. 4.2). Vačkový hriadeľ výfuku bol poháňaný reťazou od kľukového hriadeľa a následne poháňal hriadeľ sacieho ventilu cez ozubené koleso. Vysoký krútiaci moment zabezpečoval sací systém s dlhými sektorovými sacími rúrkami.
Od júna 1998 sa do Mercedesu triedy E montujú dieselové motory so systémom Common Rail. Prvým z tejto série bol motor E 200 CDI s výkonom 85 kW/115 k. K zvýšeniu výkonu došlo vďaka použitiu nového turbodúchadla s nastaviteľnými vodiacimi lopatkami.