Din iulie 1998, Clasa E are două modele cu injecție directă: Mercedes E 200 CDI și Mercedes E 220 CDI, care l-au înlocuit pe Mercedes E 220. Din iunie 1999, ambele motoare au început să fie produse cu putere crescută. În plus, a fost lansată producția de Mercedes E 270 CDI și Mercedes E 320 CDI, care l-au înlocuit pe Mercedes E 300 D în august 1999.
Modele de mașini Mercedes clasa E:
1. Cu motoare diesel:
- Mercedes E 200 CDI, Mercedes E 220 D și Mercedes E 220 CDI - 4 cilindri;
- Mercedes E 250 D, Mercedes E 270 CDI și Mercedes E 290 TD - 5 cilindri;
- Mercedes E 300 D și Mercedes E 320 CDI - 6 cilindri.
2. Cu motoare pe benzină:
- Mercedes E 200 și Mercedes E 230 - 4 cilindri, în linie;
- Mercedes E 240, Mercedes E 280 și Mercedes E 320 - 6 cilindri în linie și în formă de V;
- Mercedes E 420, Mercedes E 430, Mercedes E 50 AMG și Mercedes E 55 AMG - 8 cilindri, în formă de V.
În domeniul construcției motoarelor, Mercedes oferă tehnologie înaltă. Chiulele cu 3 și 4 supape și managementul complet electronic al motorului sunt deja familiare aici. Diferite faze de distribuție a gazelor sunt completate de diferite volume de conducte de aspirație. Analizoarele sistemului de lubrifiere facilitează monitorizarea performanței motorului și extind intervalele de schimbare a uleiului. Iar motorul diesel de ultimă generație al Mercedes dispune de injecție directă combinată cu un turbocompresor și răcire cu aer de încărcare.